Affymetrix Canine Genome 2.0 Array 狗
该芯片可以检测18,000个犬的mRNA/EST转录子，和超过20,000个非冗余的预测基因。
基因分型芯片-Illumina小鼠和人的连锁分析
连锁分析芯片是进行疾病连锁分析的最佳工具，可以从家系基因型表现型和单基因型连锁不平衡中发现连锁关系。人类连锁分析芯片实验表明其成功率为99.8%，重复性>99.9%。
Affymetrix Plasmodium/Anopheles Genome Array 疟原虫
该芯片包括约4,300 Plasmodium falciparum 的转录子和约14,900 Anopheles gambiae 转录子。
illumina 高密度自定义基因芯片
自定义基因芯片根据研究需要任意挑选SNP、甲基化（CpG岛）、基因位点进行基因分型、甲基化水平、基因表达水平研究，其研究对象可以是各种物种，包含疾病，遗传学，功能基因组研究等。